ปัจจุบันประเทศไทย จระเข้ที่ยังคงสถานะในธรรมชาติเชื่อว่าหลงเหลืออยู่คือ ที่คลองระบม-สียัด เขตรักษาพันธุ์สัตว์ป่าเขาอ่างฤๅไน จังหวัดฉะเชิงเทรา ในอดีตมีนายพรานจากประเทศเวียดนามเข้ามาล่า ทำให้จระเข้หายไปจากป่าต้นน้ำคลองระบม-สียัด จนในปี พ.ศ. 2535 นายกิตติ กรีติยุตานนท์ ผู้ช่วยหัวหน้าสถานีวิจัยสัตว์ป่าฉะเชิงเทรา ได้พบจระเข้น้ำจืดในพื้นที่ดังกล่าว แต่คาดว่าเหลือไม่เกิน 5 ตัว ปัจจุบันพบเพียงตัวผู้เพียงตัวเดียว

 

ในอุทยานแห่งชาติแก่งกระจาน จังหวัดเพชรบุรี มีอยู่ประมาณ 5 ตัว เชื่อกันว่าเป็นเพศเมียทั้งหมด แต่หลังจากในปี พ.ศ. 2552 ได้พบการวางไข่ของจระเข้กลุ่มดังกล่าว แต่ไข่กลับไม่ได้รับการผสม

 

   ในบึงบอระเพ็ด จังหวัดนครสวรรค์ มีจระเข้ราว 50 ตัว(คาดการณ์) ปัจจุบันสามารถเห็นได้ชัด 1 ตัว บริเวณที่ทำการบึงบอระเพ็ดมักขึ้นมาแสดงตัวกับนักท่องเที่ยว พบแหล่งวางไข่บนเกาะวัดและเกาะดร.สมิทจำนวน 2 ตัว, บริเวณคลองบึงบอระเพ็ดจำนวน 1-2 ตัว ฯลฯ และส่วนต่างๆในบริเวณบึงบอระเพ็ดที่ครอบคลุม3อำเภอ ในบึงบอระเพ็ดสามารถพบเห็นจระเข้ได้ตั้งแต่ขนาดเล็กไปจนถึงขนาดใหญ่

ในอุทยานแห่งชาติทุ่งแสลงหลวง มีจระเข้อย่างน้อย 3 ตัว ที่บ้านคลองชมพู อำเภอเนินมะปราง จังหวัดพิษณุโลก ซึ่งเป็นประชากรจระเข้กลุ่มเดียวในไทยที่ยังมีการผสมพันธุ์ตามธรรมชาติอยู่ และไม่มีประวัติการทำร้ายผู้คน

ในอุทยานแห่งชาติปางสีดา จังหวัดสระแก้ว มีจระเข้อยู่ประมาณ 10 ตัว ทั้งเพศผู้และเพศเมีย ซึ่งเป็นการทดลองปล่อยจระเข้น้ำจืดไทยจากแหล่งเพาะเลี้ยงไปสู่ธรรมชาติ แต่ยังสรุปผลไม่ได้ ว่าจระเข้ดังกล่าวจะปรับตัวสู่ธรรมชาติได้หรือไม่

   มีการรายงานว่าพบจระเข้ในเขตรักษาพันธุ์สัตว์ป่ายอดโดม จังหวัดอุบลราชธานี

มีการค้นพบร่องรอยจระเข้ในอุทยานแห่งชาติทับลาน ซึ่งเป็นผืนป่าที่เชื่อมต่อกับปางสีดาและป่าภูเขียว

ในปี พ.ศ. 2556 มีการพบซากจระเข้น้ำจืดตัวหนึ่งและจระเข้ที่มีชีวิตอีกตัวหนึ่งในแม่น้ำชุมพรที่บ้านบางสมอ ตำบลตากแดด อำเภอเมือง จังหวัดชุมพร สันนิษฐานว่าน่าจะเป็นจระเข้ตามธรรมชาติเนื่องจากกรงเล็บและเขี้ยวแหลมคม ในอดีตเมื่อ 50-60 ปีก่อนที่นี่เคยเป็นแหล่งอาศัยของจระเข้น้ำจืดที่ชุกชมมาก่อนแต่ต่อมาประชากรได้ลดจำนวนลง เวลาต่อมาได้มีการสั่งประกาศจับเป็นหรือจับตายจระเข้อีกหนึ่งตัวที่เหลืออยู่

 

     จระเข้ในไทยในปัจจุบันคาดว่าในแต่ละแหล่งคงมีจระเข้หลงเหลือไม่เกิน 1-3 ตัว และไม่น่ามีการผสมพันธุ์กัน จระเข้ตามธรรมชาติของไทยจึงสุ่มเสี่ยงต่อการสูญพันธุ์ ล่าสุดมีการพบที่ลานหินตาด ภายในอุทยานแห่งชาติปางสีดา จังหวัดสระแก้ว เมื่อปลายเดือนเมษายนและต้นเดือนพฤษภาคม พ.ศ. 2557 ด้วยหลักฐานภาพถ่ายและภาพวีดีโอของนักท่องเที่ยวชาวสวิตเซอร์แลนด์ คาดว่ามีความยาวประมาณ 1.3 เมตร โดยที่แห่งนี้เคยมีการค้นพบจระเข้น้ำจืดมาแล้วในอดีต เมื่อปี พ.ศ. 2537